6 сентября 2026 г.
AlphaFold 3 достаёт скрытые формы белка: хватает штатных весов и двух флагов
Лаборатория Окадзаки добавила в AlphaFold 3 штраф за повтор: модель выдала закрытую форму АТФ-синтазы, которую раньше не показывала.
Белок работает движением, а AlphaFold 3 рисует его застывшим.
Кэйити Окадзаки и Дзюн Онуки из Института молекулярных наук и Университета перспективных исследований (SOKENDAI) запускали AF3 много раз подряд и на каждом заходе штрафовали модель за повтор: чем ближе новая структура к уже полученной, тем сильнее её отталкивает от старых координат. Мерой близости служит RMSD, приём взят из метадинамики. Работа опубликована в JACS Au, пресс-релиз вышел 1 сентября 2026 года.
Замер изменился. Раньше на субъединице F1β АТФ-синтазы AF3 выдавал только открытую конформацию, даже для формы, связанной с ATP. Патч AF3-ReD достаёт открытую, закрытую и промежуточные состояния между ними.
Ставится как обычный AF3. Код лежит на GitHub, в репозитории OkazakiLab/af3_red, переобучение не нужно: работают штатные веса AlphaFold 3. К привычной команде добавляются два флага, --bias_weight и --bias_sigma. Ширину отталкивания авторы советуют держать в пределах 1–2 ангстрем, вес подбирают под конкретный белок. Для комплексов отталкивание наводится на выбранные цепи, а не на всю структуру.
Лицензия у патча та же, что у AlphaFold 3: CC BY-NC-SA 4.0, коммерческие расчёты закрыты. В доках авторы отмечают сбой на гомо-мультимерах из-за плавающих ID цепей.
Метод заявлен на моторных и транспортных белках: их лиганд-связанные формы исходный AF3 не ловил.
* Meta Platforms Inc. признана в РФ экстремистской организацией, её деятельность запрещена; Facebook и Instagram заблокированы. Meta AI и другие продукты компании — продукты этой организации.
Первоисточник
